За 2012 год было вынесено 45 731 предупреждение НКО, приводит Министерство юстиции данные в своем докладе "Об осуществлении Министерством юстиции Российской Федерации государственного контроля (надзора) в сфере деятельности некоммерческих организаций и об эффективности такого контроля (надзора)". Из них 4 392 были вынесены по результатам проверок. Более 8 тыс. НКО по результатам проверок могут оказаться закрытыми – Минюст отправил в суд 8 916 заявлений о ликвидации или прекращении деятельности НКО.

Пять организаций были исключены из реестра филиалов и представительств международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций. Также приостановлена деятельность 21 организации и возбуждено 5 610 дел об административных правонарушениях.

Ежегодным планом проведения проверок НКО на 2012 год было предусмотрено 7 197 проверок, проведено 6 497 плановых проверок, исполнение плана составило 90%. Во внеплановом порядке в 2012 году проведено 206 проверок, или 3,3% от общего количества плановых проверок. На 2013 год запланировано 7 357 проверок НКО.

На обеспечение исполнения функций по осуществлению государственного контроля в сфере деятельности некоммерческих организаций было потрачено 3 млн рублей.